Explorer les herbiers de muséums pour retracer l’histoire des épidémies de plantes cultivées.

Au cours de la dernière décennie, la paléogénomique – discipline qui consiste à étudier les génomes d’individus anciens – a permis des avancées majeures et originales dans la connaissance des agents pathogènes, y compris ceux qui affectent les cultures. A partir d’échantillons d'herbiers d'agrumes infectés issus d’une dizaine de collections botaniques et d’herbiers de muséums d’histoire naturelle, une équipe de scientifiques du Cirad et du MNHN a reconstruit 13 génomes historiques d’une bactérie pathogène responsable du chancre des agrumes : la bactérie Xanthomonas citri pv. citri, dont le plus ancien génome date de 1845.
En comparant ces génomes historiques à des génomes modernes, nous avons pu montrer que cette bactérie est apparue il y a environ 11 500 ans en Asie du Sud et s’est diversifiée à partir du début du XIIIe siècle. Cette chronologie correspond à la diversification des agrumes et suggère un lien entre la spécialisation de la bactérie sur les agrumes et les changements climatiques néolithiques, ainsi que le développement de l'agriculture qui les a suivis. Le développement de la culture d’agrumes a été un facteur majeur dans la diversification de la bactérie, facilitée par les échanges précoces Est-Ouest des routes de la soie et la mondialisation de l’agriculture à partir du XVIIe siècle.
Au cours de cette conférence je présenterai les problématiques d'émergence de maladies des cultures, comment les ressources collectées au cours les siècles passés et préservées dans les muséums d'histoire naturelle peuvent être explorées avec des technologies modernes et, en prenant l'exemple du chancre citrique, en quoi cela permet de reconstituer l'histoire de son évolution et de son expansion mondiale.